首先从情感上，你喜欢哪个就好，就像百事可乐和可口可乐，当然这个比喻不是很恰当，因为可乐喝起来几乎一样，但是Android和iOS还是有很大差别的。
iOS来源于Apple的OSX，是UNIX系统，OSX已经有差不多10年的历史，从内核底层到软件架构都是逐步发展过来的。iOS使用ObjectivC这个古老的语言来做开发。而Android是Google基于Linux搞来的，严格意义上讲Android并不是一个Linux系统，它没有Linux的xwin，没有glibc，缺乏一整套标准的Linux程序。Android应用绝大部分都是使用JAVA开发，跑在Dalvik虚拟机上（一小部分使用NDK）。 Google在底层也修改了很多东西。Android算是一个全新的操作系统. 所以:
Android使用JAVA，上手容易很多，如果有很好的JAVA Lib加持，开发效率会高些
iOS没有虚拟机, 也没有GC，性能要好一些，当然这个差别会随着Google的改进越来越小
iOS的开发框架很成熟，而且和MAC上通用，同样的知识体系，也可以开发MAC应用，Android相比是全新的框架, 还会继续进化.
iOS和设备紧密集成。软硬件一家公司通吃。但是Android无法做到， 通常的情况是：Google放出源代码。 芯片厂商需要1-3个月来做自己的芯片方案， 手机厂商从芯片厂商处买到方案和代码， 进行自己的集成，定制工作，有时候还需要针对运营商进行定制。 所以：
iOS的设备集成度和驱动优化都是最好的。电源管理一块就可见一斑，而Android厂商就鱼龙混杂。可能排头的厂商的旗舰机器会好些，但是由于Android工期一般都比iOS设备短（请看HTC和三星出机器的速度），所以整体上和iOS比是有差距的。
Android天然存在升级周期延迟的问题， 而且厂商做升级是也是有成本的。卖手机的厂商无法顾及整个生态链，目前这个无解，除非Google做点什么。
由于有多家厂商自己做定制，Android还存在设备的分裂问题（fragmentation)， 作为过来人，我告诉你这个是很头痛的事情， 且不论调试时间和人力， 光买一大堆设备的成本就不小。最关键的是它会伤美工/UE的心。
iOS是被Apple严格控制的系统。 在大部分情况下， 第三方应用是无法拿到所有API的。 这意味系统级别的很多功能只有Apple能做（比如打电话，拦截短信）。此外一些涉及用户隐私的API还会导致系统弹出对话框询问用户。 同样第三方runtime做应用开发也是基本不可行的（Flash当初也是被这个条款拒过）。 反过来Android完全不一样，首先Android是开源的，在设计上Android就允许自由替换系统组件， Android也没有强制限制API的情况，（hidden API也可以call，没有人会找你麻烦）。 系统级别的权限是下放到厂商手中，如果厂商愿意给，那第三方开发者就可以做任何事情。 普通应用的权限认证也是在安装的时候就一次性授权完成。 之后不会骚扰用户。所以：
Android平台可以做的事情远远比iOS多， 你可以做电话管理，地址簿，短信管理，可以自己跑后台service。 替换掉系统的组件非常容易
Android平台也可以跑其他系统的Runtime， 比如Flash， 有了NDK， 你要自己接入一个虚拟机也是可能的。Google不会管你
任何人可以拿Android自己改个独立的系统出来，也许这样做的意义和前景有问题，但是同样，没有人限制你
iOS上唯一的下载应用途径就是Appstore，开发者做应用上线还要通过Apple审核，就算通过了，如果挂羊头卖狗肉乱来或者调用了不该用的API， Apple一样随时可以下架。管理非常严格。反过来Android上非常松懈：
厂商可以内置应用。经常会扔一些莫名其妙的软件预装在手机上, 而且我们不会让你删除掉的。
Google的官方菜市场不做应用审核，开发者上传软件很随意，这是个自由市场。
国内还存在大量第三方软件菜市场。以及豌豆夹类似的PC端管理软件。
如果用户选择允许“未知来源”，那么通过web下载或者安装卡上的软件也是可以的。似乎国内用户都是允许的。所以：
iOS上的精品软件多，竞争激烈但管理有序，开发者也容易挣钱。
Android上虽然也有精品软件，但是垃圾软件更多， 甚至有恶意软件。 因为无门槛，基本上软件都是免费，卖不起钱， 大部分都靠广告。
Android还有一堆杀毒软件，这是典型的“没有困难，制造困难也要上”的精神。
Android上还有一堆安慰剂软件，比如能帮你省电的或者是帮你杀后台进程的来提升性能的，做过底层开发的人，笑而不语。